भात पूजा में सबसे पहले भगवान गणेश और माता पार्वती का भी विशेष पूजन करने की परंपरा है। इसके बाद नवग्रह की पूजा की जाती है। नवग्रह की पूजा के बाद शिवलिंग को पंचामृत से स्नान कराना चाहिए। पूजा के दौरान वैदिक मंत्रोचार की जाती है। इसके बाद भगवान को भात अर्पित किया जाता है।